چیزی از استقلال تاجیکستان نگذشته بودکه این کشور به ورطه جنگ داخلی گرفتار شد. اوج این درگیری ها سالهای 93-1992 بود. برای درک علت این درگیری ها باید به ساختار سیاسی و قومی تاجیکستان توجه کرد.این کشور تنها کشور فارسی زبان اسیای مرکزی است.
همچنین تاجیکستان در میان کشورهای مستقل مشترک المنافع تنها کشوری است که در کنار جمعیت غالب سنی، از جمعیت قابل توجه شیعه اسماعیلیه با ارتباط بین المللی نیرومند برخوردار است. تنها در تاجیکستان بود که حزب نهضت اسلامی به طور وسیعی به فعالیتهای سیاسی دست زد و حتی بعضی از اعضای ان هدف خود را ایجاد دولت اسلامی اعلام کردند. نیروهای سیاسی در تاجیکستان به چند گروه تقسیم می شوند که هر گروه وابسته به یک منطقه جغرافیایی هستند،در واقع منطقه گرایی در تاجیکستان اهمیت بسیاری دارد.